Während der Melioration wurden entlang von Kanälen und Strassen einreihige Alleen aus hochwüchsigen Bäumen angelegt. Diese sogenannten Windschutzstreifen sind aus heutiger Sicht jedoch verbesserungswürdig. Es hat sich gezeigt, dass halbdurchlässige, breite Hecken aus unterschiedlich hohen Bäumen und Sträuchern als Windbremse wirksamer sind als geschlossene Baumreihen. Die Windschutzstreifen der Melioration bestanden zudem überwiegend aus Hybridpappeln und Robinien – beides eingeführte Baumarten mit beschränktem Wert für die hiesigen Ökosysteme.
Um den verschiedenen Anforderungen an die Bestandesentwicklung Rechnung zu tragen, hat die Leitung der Linthebene-Melioration ein ausgewogenes und umfassendes Gehölzkonzept erarbeitet. Die entsprechende Massnahmenplanung sieht für die kommenden Jahre nebst mehreren Neuanlagen auch eine weitreichende Aufwertung der bestehenden Windschutz- und Heckenanlagen vor.
Jeweils im Winterhalbjahr werden die schlagreifen Bäume durch die eigene Werkequippe sowie durch beauftragte Forstunternehmen gefällt und an die Holzindustrie veräussert. Die entstehenden Lücken werden in der Regel noch im gleichen Frühjahr durch einheimische und standortgerechte Pflanzen ersetzt. Die Werkgruppe der Linthebene-Melioration befreit die jungen Pflanzen in den ersten drei bis fünf Jahre regelmässig vom schnell wachsenden Gras. Die anschliessende Pflege der aufwachsenden Gehölze erfolgt je nach Arbeitsauslastung der Werkgruppe während des ganzen Jahres, wobei wenn immer möglich ausserhalb der Vegetationszeit gearbeitet wird.